법인전환에 따른 양도소득세 이월과세 적용 후 전환법인이 합병으로 해산하는 경우 이월된 양도소득세의 납부의무 성립시기

｢조세특례제한법｣제32조의3 법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세 적용 후 전환법인이 다른 법인에 합병되어 해산하는 경우에는 전환법인이 해당 사업용고정자산을 합병법인에 양도한 것이므로, 전환법인은 합병등기일이 속하는 과세기간에 거주자의 이월된 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 납부해야 하는 것입니다.

[회신] ｢조세특례제한법｣제32조의3 법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세를 적용함에 있어, 거주자가 사업용고정자산을 현물출자를 통해 법인으로 전환하고 양도소득세 이월과세를 적용받은 후 해당 사업용고정자산을 양수하여 설립된 법인(전환법인)이 이를 양도하는 경우에는, 거주자가 사업용고정자산을 그 법인에 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것이며, 전환법인이 다른 법인에 합병되어 해산하는 경우에는 전환법인이 해당 사업용고정자산을 합병법인에 양도한 것이므로, 전환법인은 합병등기일이 속하는 과세기간에 거주자의 이월된 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 납부해야 하는 것입니다. 1. 사실관계 ○ 질의법인은 2014년 개업하여 부동산 임대업을 영위하고 있으며, 2020년 부동산 임대업을 영위하던 ㈜A를 흡수합병함 ○ ㈜A는 2013년 김OO이 상업용 오피스텔 (강남 역삼동 소재) 을 현 물출자하여 설립된 법인 이며, - 김OO은 해당 현물출자에 따른 양도소득세 90백만원에 대해 조특법 §32의【법인전환에 따른 이월과세】를 적용받음 2. 질의관계 ○ 양도소득세 이월과세에 대한 납세의무 성립일이 언제인지 (1안) 질의법인이 쟁점부동산을 양도하는 처분하는 시점 (2안) ㈜A가 질의법인에 합병되는 시점(합병등기일) 3. 관련법령 □ 조세특례제한법 제2조 【정의】 ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1.∼5. (생 략) 6. "이월과세(移越課稅)"란 개인이 해당 사업에 사용되는 사업용고정 자산 등(이하 이 호에서 "종전사업용고정자산등"이라 한다)을 현물 출자(現物 出資) 등을 통하여 법인에 양도하는 경우 이를 양도하는 개인에 대해서는 「소득세법」 제94조 에 따른 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니하고, 그 대신 이를 양수한 법인이 그 사업용 고정자산 등을 양도하는 경우 개 인이 종전사업용고정자산등을 그 법 인에 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계 산한 같은 법 제104조에 따른 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것을 말한다. 7.∼12. (생 략) □ 조세특례제한법 제32조 【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】 ① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법에 따라 법인 (대통령령으로 정하는 소비성 서비스업을 경영하는 법인은 제외한다) 으로 전환하는 경우 그 사업용 고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다 . 다만, 해당 사업용고정자산이 주택 또는 주택을 취득할 수 있는 권리인 경우는 제외한다. ② 제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다. ③ 제1항을 적용받으려는 거주자 는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다. ④ 제1항에 따라 설립되는 법인에 대해서는 제31조제4항부터 제6항까지의 규정을 준용한다. ⑤ 제1항에 따라 설립된 법인의 설립등기일부터 5년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 제1항을 적용받은 거 주자가 사유발생일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1항에 따른 이월과세액(해당 법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 사업 폐지의 판단기준 등에 관 하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 1. 제1항에 따라 설립된 법인이 제1항을 적용받은 거주자로부터 승계 받은 사업을 폐지하는 경우 2. 제1항을 적용받은 거주자가 법인전환으로 취득한 주식 또는 출자 지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우 □ 조세특례제한법 시행령 제29조 【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】 ① 삭제 ② 법 제32조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법 "이란 해당 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제5항에 따른 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3개월 이내에 해당 법인 에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다. ③ 법 제32조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 소비성서비스업"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(이하 "소비성서비스업"이라 한다)을 말한다. 1. 호텔업 및 여관업(「관광진흥법」에 따른 관광숙박업은 제외한다) 2. 주점업(일반유흥주점업, 무도유흥주점업 및 「식품위생법 시행령」 제21조에 따른 단란주점 영업만 해당하되, 「관광진흥법」에 따른 외국인전용유흥 음식점업 및 관광유흥음식점업은 제외한다) 3. 그 밖에 오락ㆍ유흥 등을 목적으로 하는 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업 ④ 법 제32조제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 현물출자 또는 사업양수도를 한 날이 속하는 과세연도의 과세 표준신고(예정신고를 포함한다)시 새로이 설립되는 법인과 함께 기획재정 부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하 여야 한다. ⑤ 법 제32조제2항에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 사업용고정자산을 현물 출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산 가액으로서 제28조제1항제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다. ⑥ 법 제32조제1항에 따라 설립되는 법인(이하 이 조에서 "전환법인" 이라 한다)이 같은 조 제1항에 따른 현물출자 또는 사업 양도ㆍ 양수의 방법으로 취득한 사업용고정자산의 2분의 1이상을 처분하거나 사업에 사용하지 않는 경우 법 제32조제5항제1호에 따른 사업의 폐 지로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니한다. 1. 전환법인이 파산하여 승계받은 자산을 처분한 경우 2. 전환법인이 「법인세법」 제44조제2항 에 따른 합병, 같은 법 제46조 제2항에 따른 분할, 같은 법 제47조제1항에 따른 물적분할, 같은 법 제47조의2제 1항에 따른 현물출자의 방법으로 자산을 처분한 경우 3. 삭제 4. 전환법인이 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 승계받은 자산을 처분한 경우 (이하 생략) □ 법인세법 제44조 【합병 시 피합병법인에 대한 과세】 ① 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제44조의3에서 같다)은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다. 1. 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액 2. 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장부가액 총액을 뺀 가액(이하 이 관에서 "순자산 장부가액"이라 한다) 4. 관련예규 등 ○ 법인세과-1619, 2024.11.27. ｢조세특례제한법｣ 제32조 에 따라 법인전환에 대한 양도소득세의 이월 과세를 적용받은 사업용 고정자산을 양수한 법인이 법인설립일로부 터 5년 이후 그 사업용 고정자산을 비영리법인에 출연하는 경우 에는 개인이 해당 사 업용 고정자산을 그 법인에게 양도한 날이 속 하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 납 부하는 것임 ○ 대법원-2022-두-69223, 2023.3.16. 이월과세적용을 받은 양도소득세 는, 전환법인이 제3자에게 양도한 때 과세이연이 종료되어 전환법인이 법인세로 납부 하게 되고 위 양도의 의미에 합병이 포함 되므로, 전환법인이 합병된 시점이 이월 과세된 양도소득세의 납세의무가 발생한 시점 임 ○ 법인세과-1221, 2009.11.5. ｢조세특례제한법｣ 제32조 의 규정에 따라 법인전환한 내국법인의 사 업용고정자산에 대하여 이월과세를 적용받는 법인이 다른 법인을 흡수합병한 경우에는 계속하여 이월과세를 적용받을 수 있는 것이나, 법인전환한 당 해 법인이 피합병된 경우에는 이월과세를 적용받을 수 없는 것임